Des personnes font la queue pour recevoir une dose de vaccin Covid-19 dans un centre de vaccination temporaire installé dans une école de Mumbai, le mardi 17 août 2021. (Photo PTI/Kunal Patil )
Alors que le monde garde nerveusement une trace de toutes les nouvelles variantes de Covid-19 et de ses sous-lignées, chaque échantillon de virus est techniquement une nouvelle ‘variante’, car sa séquence ne correspond à celle d'aucun autre virus&# 8217 ; séquence.
Maintenant, les scientifiques ont élargi la famille Delta de quatre à 13 variantes. Certains cas de la variante Delta, la variante préoccupante la plus répandue en Inde, sont en cours de « reclassification » ; à une autre sous-lignée – AY.12 – qui a été associée à un grand nombre de cas en Israël, le consortium India SARS-CoV-2 Genome (INSACOG), qui suit les variantes émergentes, a déclaré dans un rapport.
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« Cependant, étant donné que la définition AY.12 est incohérente, les chiffres définitifs prendront un certain temps », lit-on dans une déclaration du consortium.
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Alors, quelle est cette mutation AY.12 ?
Fondamentalement, l'évolution virale fonctionne comme n'importe quel autre type. Au fur et à mesure que le virus se propage dans le corps, il fait des copies de lui-même, qui comportent souvent de petites erreurs et des changements.
En tant que tel, la variante Delta (B.1.617.2) a donné naissance à plusieurs sous-lignées appelées variantes « Delta Plus » qui portent la plupart de ses mutations caractéristiques mais sont différentes à d'autres égards. L'une de ces sous-lignées, AY.12, possède toutes les mutations Delta caractéristiques sauf une.
Le pic de cas en Israël est préoccupant car c'est un pays avec près de 60% de ses adultes entièrement vaccinés et rapporte que l'efficacité du vaccin Pfizer dans ce pays est nettement inférieure à ce qui est ressorti des essais cliniques. « Le reclassement vise principalement à aider la micro-épidémiologie et n'est pas basé sur l'acquisition de mutations significatives. Ainsi, on ne sait pas actuellement si AY.12 est cliniquement différent de Delta », note le rapport de l'INSACOG. “Aucune nouvelle mutation préoccupante n'est notée dans la protéine de pointe (S). Cependant, sa croissance rapide en Israël signifie qu'il devrait être examiné plus avant. »
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Y a-t-il une différence entre AY.12 et les autres souches ?
Selon l'INSACOG, on ne sait pas encore si AY.12 est cliniquement différent de Delta ou B .1.617.2.
Cependant, AY.12 a perdu certaines des mutations observées dans la lignée Delta, telles que G142D dans la protéine de pointe. Aucune nouvelle mutation préoccupante n'a été notée dans la protéine de pointe de cette variante.
AY.12 est, à l'heure actuelle, la souche la plus dominante en Israël — 51 % des échantillons étudiés ont montré la prévalence de cette variante. Sur la base du nombre de séquences qui ont jusqu'à présent été téléchargées sur le GISAID par des groupes de recherche indiens, la prévalence de cette variante au cours de la semaine dernière a augmenté à plus de 20 %.
Tout en demandant aux États de rester prudents et de rechercher cette variante, l'INSACOG a déclaré : « AY.12, une sous-lignée réaffectée de Delta est observée dans de nombreux États, mais les chiffres doivent être examinés de plus près. L'impact fonctionnel des changements entre Delta et AY.12 n'est pas connu, mais les deux semblent être très similaires au niveau moléculaire. »
Jusqu'à présent, selon l'INSACOG, environ 70 000 échantillons de coronavirus ont été séquencés pour leur structure génomique, dont 50 000 ont été attribués à différentes lignées. Environ 60% d'entre eux consistent en des variantes internationales préoccupantes ou intéressantes (VoC ou VoI) qui sont globalement suivies et liées à des épidémies ainsi qu'à des cas de découverte de vaccins et de réinfections. Au sein de ces VoC, la variante Delta comprend 70 % des échantillons. Les cas Delta plus, dans lesquels AY.12 est inclus, ne sont que 67, bien que cela devrait augmenter après la reclassification.
Suivre l'évolution
Outbreak.org, qui suit les nouvelles variantes et leur prévalence, indique que le premier cas de la lignée AY.12 a été enregistré le 7 septembre 2020. Depuis lors, 44 083 séquences de la lignée AY.12 ont été détectées dans le monde jusqu'au 26 août.
< p>Cependant, la variante s'est imposée après être devenue la variété dominante en Israël. Une quatrième vague d'infections approche rapidement des niveaux des pires jours de la pandémie d'Israël l'hiver dernier. Le taux quotidien de nouveaux cas confirmés de virus a plus que doublé au cours des deux dernières semaines, faisant d'Israël un point chaud croissant dans les charts internationaux. Les restrictions sur les rassemblements et les lieux commerciaux et de divertissement ont été rétablies cette semaine, et le gouvernement envisage un nouveau verrouillage.
Cependant, la question qui préoccupe la plupart des experts est que le taux élevé d'infections en Israël parmi les premiers vaccinés peut indiquer un déclin des protections du vaccin au fil du temps, une découverte qui a contribué à une décision américaine de commencer à offrir des vaccins de rappel aux Américains à partir de la prochaine mois. Le vaccin peut être moins efficace pour prévenir l'infection par la variante hautement contagieuse A.12 Delta, maintenant la version principale du virus en Israël.
Les données publiées par le ministère israélien de la Santé fin juillet suggèrent que le tir de Pfizer n'était efficace que de 39 % pour prévenir l'infection dans le pays fin juin et début juillet, contre 95 % de janvier à début avril. Dans les deux périodes, cependant, le vaccin était efficace à plus de 90 % dans la prévention de la maladie grave. En tant que tel, Israël place désormais ses espoirs dans les injections de rappel.
Selon Outbreak.org, le premier échantillon d'AY.12 en Inde remonte au 7 septembre 2020.
L'INSACOG a jusqu'à présent séquencé 67 699 échantillons du virus en provenance d'Inde, dont 50 869 ont été analysés en détail. 11 016 séquences supplémentaires d'échantillons ont été partagées par les gouvernements des États, ce qui porte le nombre total d'échantillons séquencés à 78 865.
Cependant, la tendance inquiétante est que plus de 3,2 millions de personnes ont été infectées en Inde jusqu'à présent. , seulement environ 0,002 % des échantillons ont été séquencés à ce jour.
Qu'est-ce qui compte pour le grand public ?
Toutes les variantes reconnues par l'Organisation mondiale de la santé ne sont pas également mauvaises. Lorsque l'organisation donne un nom à une nouvelle famille, elle ajoute également une étiquette nous indiquant à quel point nous devrions être inquiets.
Le niveau le plus bas est une variante intéressante, ce qui signifie qu'il vaut la peine de surveiller. Au milieu se trouve une variante préoccupante, comme Delta, qui a évolué pour devenir plus dangereuse. Souvent, les variantes d'intérêt reçoivent cette étiquette parce qu'elles partagent une mutation avec des variantes préoccupantes – elles sont sous surveillance. Le CDC a une catégorie supplémentaire, plus sévère, une variante de haute conséquence, qui n'a jamais été confiée à une famille de Covid. Il est réservé aux futures souches potentielles qui pourraient causer des maladies graves chez les personnes vaccinées, ne pas se présenter aux tests de diagnostic couramment utilisés ou peut-être résister à plusieurs traitements pour les symptômes de la covid.
Les mutations se produisent de manière aléatoire dans les génomes des virus chez les millions de personnes infectées. Certaines de ces mutations disparaissent et quelques-unes se propagent à d'autres personnes. En tant que tel, les scientifiques surveillent de près les tendances à Delta, d'autant plus qu'elles se propagent si rapidement.
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