Un vendeur portant un masque facial par mesure de précaution contre le coronavirus présente des jouets à vendre sur la plage de Fort Kochi à Kochi, Kerala, le lundi 23 août 2021. (Photo AP : RS Iyer)
Alors que les scientifiques se retrouvent à courir contre la montre pour trouver la base biologique de la transmission de la variante Delta de Covid-19, plusieurs nouvelles études ont révélé que des mutations clés réduisaient l'efficacité des vaccins, et une infectiosité élevée pendant la phase pré-symptomatique chez les patients sont parmi les principales raisons alimentant la propagation rapide.
Des recherches épidémiologiques récentes suggèrent que la variante Delta (B.1.617.2) est au moins 40 pour cent plus élevée transmissible que la variante Alpha identifiée pour la première fois au Royaume-Uni fin 2020. De plus, avec plusieurs études montrant une efficacité vaccinale réduite contre la variante Delta, les individus entièrement vaccinés restent également vulnérables à infections de pointe.
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Le chef de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, lors d'un point de presse, avait précédemment déclaré que Delta est la variante la plus transmissible identifiée à ce jour, et elle devient rapidement la souche dominante de Covid-19dans beaucoup de pays. Selon une présentation interne diffusée au sein des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, la variante Delta est plus transmissible que les virus qui causent le MERS, le SRAS, Ebola, le rhume, la grippe saisonnière et la variole, et elle est au moins aussi contagieuse que la varicelle.
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Source : JHU CSSE et covariants.org
Pourquoi le variant Delta est-il plus infectieux ?
Des recherches récentes suggèrent qu'une mutation clé d'un acide aminé pourrait être à l'origine de l'infectiosité féroce du variant Delta.
Une équipe de chercheurs dirigée par le virologue de la branche médicale de l'Université du Texas, Pei-Yong Shi, s'est concentrée sur une mutation clé qui modifie un seul acide aminé dans la protéine de pointe du SRAS-CoV-2. Le changement s'appelle P681R et transforme un résidu de proline en arginine, selon un rapport sur l'étude publié dans la revue Nature. Le changement se produit dans le site de clivage de la furine de la protéine de pointe.
Pour pénétrer dans les cellules, la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 doit être coupée deux fois par les protéines de l'hôte. Le site de clivage de la furine dans Covid-19 est important car cela signifie que les enzymes de l'hôte, y compris la furine, peuvent effectuer la première coupe. Après cela, des particules virales nouvellement formées émergent d'une cellule infectée qui peuvent infecter les cellules hôtes plus efficacement.
La variante Alpha porte également une mutation au même endroit, bien qu'elle comprenne un changement dans un acide aminé différent. L'étude indique que dans le cas de Delta, la mutation qui modifie le clivage de la furine a eu un effet profond.
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Dans une pré-impression de l'étude qui a été rendue disponible récemment, les chercheurs ont déclaré que la protéine de pointe est coupée beaucoup plus efficacement dans les particules de variante Delta que dans Alpha, la mutation P681R étant en grande partie responsable de l'écrêtage efficace de la pointe.< /p>
L'étude indique que la mutation P681R détient la clé de l'infectivité élevée et de la transmission rapide du variant Delta. Les chercheurs ont découvert que dans les cellules épithéliales humaines cultivées infectées, les variantes Delta se propageaient plus rapidement que Alpha. Mais lorsque les chercheurs ont retiré la mutation P681R, la différence de taux de transmission a été perdue.
L'étude fait écho aux conclusions d'une recherche menée par une équipe dirigée par Kei Sato, virologue à l'Université de Tokyo, qui a découvert que les protéines de pointe qui portent le P681R peuvent fusionner avec les membranes plasmiques des cellules non infectées presque trois fois plus rapidement que si la mutation est manquant.
Source : CoVariants.org et GISAID via Our World in Data
D'autres mutations clés sont-elles également responsables de la transmission rapide de Delta ?
Les scientifiques ont déclaré que la variante Delta avait plusieurs mutations clés et que le changement P681R, bien qu'important, ne soit probablement pas la seule raison alimentant sa transmission rapide.
Des chercheurs ougandais ont déclaré que le changement P681R était présent dans une variante qui s'est largement répandue dans le pays au début de 2021, mais ne s'est pas avéré aussi contagieux que Delta. La variante Kappa, la sœur de Delta qui a été identifiée en Inde, présentait également la même mutation, mais les chercheurs ont découvert que sa protéine de pointe est clivée moins fréquemment et fusionne moins efficacement avec les membranes cellulaires.
Des études antérieures ont montré que d'autres des mutations clés dans la variante Delta telles que L452R et D6146 permettent au virus de s'attacher plus fermement aux cellules réceptrices et d'échapper plus facilement à l'immunité.
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En fait, la variante Delta présente de multiples mutations dans la sous-unité S1 de la protéine de pointe, dont trois dans le domaine de liaison aux récepteurs, qui améliorent sa capacité à se lier aux récepteurs ACE2 et à échapper au système immunitaire du corps.
& #8220;Je pense que le virus réussit en termes de volume et de vitesse. C'est devenu un virus beaucoup plus efficace. Il traverse les gens et traverse les cellules beaucoup plus rapidement,” Gary Whittaker, virologue à l'Université Cornell, a déclaré à Nature.
Whittaker a en outre déclaré que l'étude avait souligné l'importance des mutations sur le site de clivage de la furine du coronavirus. Il a également ajouté que P681R ne sera pas la dernière mutation du site de clivage de la furine à inquiéter.
Source : CoVariants.org et GISAID via Our World in Data
Pourquoi est-il si difficile d'arrêter la propagation de la variante Delta ?
L'une des autres raisons de la propagation rapide de la variante Delta, telle qu'elle a été découverte lors d'une étude à Guangzhou, en Chine, est le niveau extrêmement élevé d'infectiosité chez les patients, même en phase pré-symptomatique. Cela signifie que les gens risquent de propager le virus avant même de soupçonner qu'ils peuvent être infectés.
Une étude récente de Benjamin Cowling, épidémiologiste à l'Université de Hong Kong et de ses collègues, a révélé que les gens commençaient à présenter des symptômes 5,8 jours après l'infection par Delta – 1,8 jours après avoir été testés positifs pour la première fois pour l'ARN viral. Cela laisse donc une fenêtre dangereuse pour la transmission du virus.
En d'autres termes, étant donné que l'apparition des symptômes se produit plus tard, davantage de personnes infectées par la variante Delta sont susceptibles de transmettre l'infection à d'autres avant même de soupçonner qu'ils pourraient être malades.
L'étude a révélé que 74% des infections à Delta ont eu lieu pendant la phase pré-symptomatique. Les chercheurs ont également découvert que R-naught, ou le nombre de reproduction de base, qui représente, en moyenne, le nombre de personnes qu'une seule personne infectée peut s'attendre à transmettre cette maladie, pour Delta est de 6,4. Pour mettre les choses en perspective, le R-naught de la souche Wuhan, selon plusieurs études réalisées précédemment, était compris entre 2 et 4.
La réduction de l'efficacité du vaccin contre Delta est-elle un sujet de préoccupation ?
Plusieurs études ont montré que la l'efficacité des vaccins est réduite contre la variante Delta, ce qui laisse les individus entièrement vaccinés vulnérables aux infections à percée.
Une étude antérieure de Public Health England avait révélé que l'efficacité du vaccin Oxford-AstraZeneca diminuait à 64 % contre la variante Delta. Auparavant, une étude publiée dans le journal The Lancet avait également révélé que les personnes entièrement vaccinées avec le vaccin Pfizer sont susceptibles d'avoir plus de cinq fois des niveaux d'anticorps neutralisants contre la variante Delta plus bas que l'original. souche.
Plus récemment, des données du ministère israélien de la Santé ont montré que deux injections de Pfizer offraient une protection de 64 %contre Covid, à un moment où plus de 90 % des cas signalés dans le pays étaient causés par la variante Delta.
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Un autre sujet de préoccupation est l'efficacité des vaccins qui diminue avec le temps. Des chercheurs de l'Université d'Oxford au Royaume-Uni et de l'Office for National Statistics du pays dans une étude récente ont révélé que l'efficacité du vaccin Pfizer est tombée à 90 % un mois après avoir pris la deuxième dose, à 85 % après deux mois et 78 pour cent après trois. Pour AstraZeneca, la protection équivalente offerte était de 67, 65 et 61 %.
L'étude a également révélé que même chez les personnes entièrement vaccinées, les infections causées par la variante Delta produisaient des charges virales maximales similaires à celles chez les individus non vaccinés. Des études menées aux États-Unis et à Singapour ont produit des résultats similaires.
Cela signifie que le plus grand sujet de préoccupation est que même les personnes entièrement vaccinées peuvent propager la variante Delta, ce qui rend très difficile la rupture de la chaîne de transmission.
Un rapport publié par le CDC ce mois-ci indique que à la suite de grands rassemblements dans la ville balnéaire de Provincetown dans le Massachusetts, 469 cas de Covid-19 ont été signalés dans l'État, dont près des trois quarts parmi les personnes vaccinées.
L'analyse a révélé que, tout comme les personnes non vaccinées, celles qui ont pris les jabs avaient également des valeurs élevées de Ct, indiquant une charge virale élevée. Après le séquençage du génome de 133 échantillons, 90 % des cas se sont avérés être causés par la variante Delta. À la suite des résultats, le CDC a de nouveau mis à jour ses directives le 27 juillet et a recommandé aux personnes vaccinées et même vaccinées de porter des masques lorsqu'elles se trouvent dans des zones à transmission « substantielle » et « élevée » de Covid-19.
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