Lancement d'un laboratoire de test RT-PCR portable en association avec la Municipal Corporation of Greater Mumbai au complexe Bandra Kurla. (Express File Photo par Amit Chakravarty)
Écrit par Ruta Patwardhan et Rohini Kelkar
La deuxième vague de la pandémie de Covid-19 semble s'essouffler. Mais de nombreuses questions soulevées au cours des deux derniers mois restent d'actualité. Le Maharashtra a de nouveau été l'État le plus touché, Pune et Mumbai enregistrant une forte augmentation à la fois du nombre de cas et du nombre de personnes décédées à cause du virus.
Le gouvernement du Maharashtra a observé que quelques laboratoires de l'État utilisaient arbitrairement une valeur Ct de 24 comme seuil, ce qui signifiait que des valeurs Ct de 25 et plus étaient signalées comme négatives pour Covid-19. Le gouvernement de l'État a demandé des éclaircissements au Conseil indien de la recherche médicale (ICMR) concernant ce qui serait une valeur Ct acceptable pour déclarer un patient comme négatif.
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Pour comprendre une valeur Ct, nous devons savoir comment fonctionne un test RT-PCR. Le test amplifie ou augmente la quantité de matériel génétique viral présent dans l'échantillon afin qu'il puisse être détecté par l'instrument RT-PCR. Pour le dire très simplement, supposons qu'il y ait une copie de matériel génétique viral présente dans un échantillon. Cette copie devient deux copies dans le premier cycle du test RT-PCR ; deux exemplaires deviennent quatre exemplaires au deuxième cycle. Cela continue avec le nombre de copies augmentant de façon exponentielle au cours de chaque cycle, jusqu'à ce que le nombre de copies générées atteigne le niveau de détection.
La valeur Ct ou la valeur seuil de cycle est le nombre de cycle auquel le matériel génétique viral est suffisamment amplifié pour être détecté par l'instrument. Si, par exemple, le matériel génétique viral est détecté après 10 cycles, la valeur Ct est de 10.
Il est alors raisonnable que si l'échantillon contient déjà beaucoup de particules virales, moins de cycles sont suffisants pour atteindre le niveau de détection. Inversement, si l'échantillon ne contient que quelques particules virales, de nombreux cycles seront nécessaires jusqu'à ce qu'un nombre détectable de particules virales soit généré.
Par conséquent, plus la charge virale est élevée, moins la valeur Ct et moins la charge virale, plus la valeur Ct est élevée.
La valeur limite de Ct pour considérer un patient comme positif varie d'un kit à l'autre, et est généralement donnée par le fabricant du kit après validation. Comme pour tout autre test, il est conseillé de suivre les directives du fabricant lors de l'exécution et de l'interprétation d'un test. Pour la plupart des kits RT-PCR actuellement disponibles, une valeur Ct de 35 est considérée comme le seuil.
Alors, une valeur Ct inférieure correspond-elle à de moins bons résultats pour les patients ? Il est important de savoir que la valeur Ct dépend d'un grand nombre de facteurs tels que la qualité de la collecte de l'échantillon, la rapidité avec laquelle il a été transporté, la rapidité avec laquelle il a été testé, la manière dont il a été stocké jusqu'au moment du test, le kit et l'instrument utilisé, et même le stade de l'infection auquel l'échantillon a été prélevé. La valeur Ct peut montrer beaucoup de variation, même avec des échantillons collectés le même jour. Par conséquent, il ne peut pas y avoir de comparaison de la valeur Ct d'un échantillon à un autre.
Bien que certaines études aient montré que des valeurs Ct plus faibles étaient associées aux pires formes de la maladie, nous n'avons pas de preuves concluantes à ce sujet . Compte tenu de la myriade de facteurs pouvant affecter la valeur Ct, il n'est jamais conseillé de se fier uniquement à la valeur Ct pour traiter un patient.
Revenons à la lettre du gouvernement du Maharashtra à l'ICMR. Il a demandé des éclaircissements sur le seuil inférieur de détection utilisé par certains laboratoires.
La réponse de l'ICMR à la question conseillait de suivre la valeur Ct généralement acceptée pour la détection des positifs, qui est un Ct de 35. L'utilisation d'un seuil de détection inférieur signifierait qu'un grand nombre de patients avec des valeurs Ct comprises entre 25 et 35 seraient faussement considérés négatif. Cependant, ces patients, en particulier ceux qui ne présentent aucun symptôme, peuvent continuer à propager l'infection.
Qu'est-ce que cela signifie du point de vue du patient ? En cas de pandémie, l'apparition de symptômes devrait inciter les patients à prendre toutes les précautions, sans attendre les résultats des tests. Même lorsque le rapport de test est négatif mais que les patients présentent des symptômes, ils doivent se mettre en quarantaine.
Tout rapport positif, quelle que soit la valeur Ct, doit être traité avec le plus grand sérieux. Les patients ne doivent pas se laisser bercer par un faux sentiment de sécurité si la valeur Ct est supérieure à 25. Ils doivent surveiller leurs symptômes de près et suivre les conseils de leur médecin consultant.
Patwardhan est microbiologiste consultant, Metropolis Healthcare et Kelkar, consultant , microbiologiste clinique et spécialiste, Metropolis Healthcare, Mumbai
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