Expliqué : Que sont BA.4 et BA.5, BA.2.12.1 et BA.2.38 — les nouvelles variantes du coronavirus en circulation actuellement ?

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Les séquences du génome téléchargées dans la base de données mondiale GISAID montrent que BA.2.38 – qui dérive de BA.2 – est dominant dans le pays, représentant 30 % de toutes les séquences au cours des 30 derniers jours .

La flambée actuelle des cas de Covid-19 dans le pays est due à la sous-variante BA.2 d'Omicron – qui a conduit la troisième vague en janvier, avec BA.1 – et à une autre sous-variante qui en a dérivé, appelée BA .2.38.

Plus tôt cette semaine, Delhi a signalé ses deux premiers cas de la sous-variante BA.5 d'Omicron – c'était l'une des sous-variantes qui a conduit à une augmentation des cas en Afrique du Sud il y a quelques mois. Le premier cas de BA.5 en Inde a été signalé fin mai à Telangana.

Les cas de ces sous-variantes qui entraînent des surtensions dans de nombreux endroits du monde sont également en augmentation en Inde, mais ils ne représentent actuellement qu'un petit pourcentage des cas. Il est important de noter que les experts estiment que ce changement n'a aucune signification clinique.

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Les séquences du génome téléchargées dans la base de données mondiale GISAID montrent que BA.2.38 – qui dérive de BA.2 – est dominant dans le pays, représentant 30 % de toutes les séquences au cours des 30 derniers jours.

Cela a été suivi par la sous-variante BA.2 elle-même, représentant 28 % des échantillons, montre une analyse des données GISAID par épidémie.info.

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(Outbreak.info est un projet de Scripps Research qui agrège les données Covid à travers des sources scientifiques afin de suivre les tendances pandémiques et d'intégrer la recherche et les ensembles de données dans une seule bibliothèque consultable.)

Bien que BA.4 et BA.5 ont été détectés dans le pays presque au même moment (début mai), BA.5 s'est propagé plus rapidement, représentant 7 % des séquences téléchargées dans la base de données mondiale au cours des 30 derniers jours.

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Jusqu'à présent, l'Inde a signalé au moins 120 séquences de la sous-variante BA.5, la plupart au Tamil Nadu et Karnataka (43 chacun). Quant à l'autre sous-variante qui a conduit la poussée de Covid-19 en Afrique du Sud – BA.4 – 33 cas ont été identifiés, ce qui représente moins de 1% des séquences téléchargées dans la base de données mondiale au cours des 30 derniers jours.

Une autre sous-variante d'Omicron, appelée BA.2.12.1, est également en circulation — et a représenté 5 % des séquences au cours des 30 derniers jours. Au moins 190 séquences de cette sous-variante ont été téléchargées dans la base de données mondiale – la plupart provenant de Telangana (69), Karnataka (46) et Tamil Nadu (45).

Ce que connaissons-nous ces sous-variantes jusqu'à présent ?

* BA.4 et BA.5 ont été détectés par l'Afrique du Sud en janvier et février respectivement. Les variantes ont déclenché une vague d'infections et sont devenues dominantes en mai de cette année. Ils se répandent maintenant en Europe, BA.5 devenant la variante dominante au Portugal.

BA.4 et BA.5 ont un avantage de transmission d'environ 13 % à 15 % sur BA.2, et peuvent également contourner une partie de l'immunité. Ces variantes ont deux mutations qui étaient considérées comme préoccupantes par les chercheurs : F486V que les études de laboratoire ont associée à la capacité du virus à échapper à une partie de l'immunité existante, et L452R qui a été trouvée dans la variante Delta associée à la capacité d'infecter les poumons.

Cependant, l'expérience d'autres pays montre que les variantes n'entraînent pas d'augmentation des maladies graves, des hospitalisations et des décès. Cette fois-ci, les médecins ont à peine vu la pneumonie Covid-19 chez les patients, ce qui avait entraîné une augmentation des besoins en oxygène et des décès lors de la deuxième vague pilotée par la variante Delta de l'été 2021.

* La variante BA.2.12.1, qui a été détectée pour la première fois à New York, serait 23 % à 27 % plus transmissible que la sous-variante BA.2. On pense également qu'il échappe à une partie de l'immunité acquise lors d'une infection et d'une vaccination antérieures.

* Quant au BA.2.38, qui a été récemment reclassé, il a maintenant été établi qu'il conduit à une maladie plus bénigne, tout comme sa sous-variante parente BA.2.

Alors, qu'est-ce qui a changé entre la vague de janvier et la vague actuelle ?

La plus grande différence, les chercheurs de l'INSACOG, c'est qu'il n'y a pas de formation de grappes avec aucune des sous-variantes émergentes.

Lorsque Omicron était à la hausse à la fin décembre et en janvier, il y avait une formation claire de clusters, ce qui a aidé les chercheurs à établir rapidement des liens indiquant que l'augmentation était due à la nouvelle variante.

Les scientifiques de l'INSACOG affirment que l'émergence variante n'est pas responsable de l'augmentation actuelle des cas de Covid-19 à travers le pays.

« Dans un pays d'un milliard d'habitants, détecter quelques cas d'un variant n'a aucun sens. Nous n'avons pas vu ces cas se produire en grappes. Nous n'avons pas non plus constaté de changements dans les symptômes ou le taux d'hospitalisation jusqu'à présent », a déclaré un scientifique principal de l'INSACOG sous couvert d'anonymat.

Les scientifiques tiendront d'autres discussions avec le National Center for Disease Control (NCDC ) pour essayer de corréler les résultats du séquençage du génome avec les données épidémiologiques sur le terrain.

Le chercheur a déclaré : “Bien que BA.2.38 ait été récemment reclassé et soit maintenant présent dans de nombreux échantillons, nous n'avons pas trouvé des preuves épidémiologiques suggérant un changement dans les schémas de la maladie.”

Un autre scientifique de l'un des laboratoires régionaux de l'INSACOG, a déclaré : “Nous voyons plus de cas de BA.2.38 maintenant, mais il n'y a pas de cluster formation. Par exemple, lorsque Omicron a commencé à se propager dans le pays, nous avons pu voir les grappes et très rapidement tracer qui a transmis l'infection à qui. Cela ne s'est pas produit avec les nouvelles variantes actuelles.”

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