Expliqué : un test RT-PCR peut-il détecter une infection par la variante Omicron de Covid-19 ?

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Un aviateur à destination de l'Ouganda se fait prélever un écouvillon à l'aéroport de Johannesburg. (Reuters)

La variante Omicron du SRAS-CoV2 est considérée comme une grande menace, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) dimanche évaluant le risque mondial comme « très élevé ». Des données préliminaires ont indiqué qu'Omicron pourrait avoir une transmissibilité plus élevée, ainsi qu'une plus grande capacité à échapper à la réponse immunitaire générée soit par une infection antérieure, soit par des vaccins.

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La détection rapide de cette variante est donc essentielle pour contenir sa propagation. L'OMS a déclaré qu'une chose positive à propos de cette variante est qu'elle pourrait être détectée dans certains des tests de diagnostic RT-PCR utilisés dans le monde, contrairement à d'autres variantes dont la présence ne peut être déterminée qu'après séquençage génétique. Cela peut accélérer la détection et aider à contrôler la propagation.

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Mais comme les scientifiques l'ont dit à The Indian Express, ce n'est pas simple ; la plupart des tests RT-PCR en Inde pourraient ne pas être en mesure de faire la distinction entre Omicron et d'autres variantes.

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Variante Omicron : comment un ‘manque’ par RT-PCR aide

Les tests RT-PCR ne peuvent que confirmer si la personne a une infection ou non. Ils ne sont pas conçus pour déterminer quelle variante particulière a infecté la personne. Pour cela, une étude de séquençage du génome doit être réalisée.

Tous les échantillons infectés ne sont pas envoyés pour le séquençage du génome, car c'est un processus lent, compliqué et coûteux. Normalement, seul un très petit sous-ensemble de tous les échantillons positifs (environ 2 à 5 %) est envoyé pour analyse génétique.

Les tests RT-PCR recherchent la présence de certains identifiants spécifiques dans le matériel génétique (pas la séquence génétique entière) du virus dans le corps humain. Habituellement, deux ou plusieurs identifiants sont recherchés pour augmenter la probabilité de trouver une correspondance. Si l'un des identifiants a muté, l'autre peut toujours renvoyer un résultat positif.

De nombreux tests RT-PCR recherchent un identifiant dans la protéine de pointe du coronavirus, la zone en saillie qui permet au virus de pénétrer dans le corps humain. S'il y a des mutations dans la protéine de pointe, comme c'est le cas avec la variante Omicron, il est alors possible que de tels tests RT-PCR, recherchant des identifiants dans cette région, ne reconnaissent pas la mutation comme l'identifiant qu'il recherche, et donnerait donc un résultat négatif.

Mais comme mentionné ci-dessus, les tests RT-PCR recherchent plus d'un identifiant. Ainsi, si le test trouve l'identifiant dans l'autre région (ce qui signifierait que la personne a une infection à coronavirus) mais ne trouve pas l'identifiant dans la protéine de pointe, cela pourrait alors indiquer que l'infection est due à la variante Omicron.

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Le problème est qu'Omicron n'est pas le seul variant qui présente des mutations dans la protéine de pointe. Quelques autres, notamment la variante Alpha, ont également des mutations dans cette région, et pourraient donc montrer un comportement similaire dans les tests RT-PCR.

Néanmoins, un tel résultat peut être considéré comme un mécanisme de dépistage pour l'Omicron variante, d'autant plus que la prévalence de la variante Alpha dans la population indienne a considérablement diminué. Un tel dépistage au stade du test de diagnostic peut être vital pour identifier et isoler les infections potentielles avec la variante Omicron.

Séquençage de gènes pour la certitude

Comme l'a expliqué Anurag Agarwal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative (IGIB) basé à Delhi, un tel résultat ne serait qu'indicatif de la présence de la variante Omicron et devrait être confirmé par séquençage des gènes. Mais c'est toujours une longueur d'avance importante.

L'OMS a déclaré que l'un des kits de RT-PCR largement utilisés, développé par Thermo Fisher Scientific, peut détecter la présence de la variante Omicron. Certains des kits utilisés en Inde peuvent également potentiellement détecter la variante. Comme l'a dit Vinod Scaria, scientifique à l'IGIB, la capacité du kit à détecter le variant dépendait des amorces (produits chimiques qui capteront les identifiants) utilisées.

“Malheureusement, les détails de l'amorce pour la majorité des kits utilisés en Inde ne sont pas accessibles au public. Donc, on ne peut pas dire si un kit particulier utilisé sera capable de détecter cette variante ou non », a déclaré Scaria.

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Si les tests de diagnostic n'offrent aucune indication, la détection d'Omicron, ou de toute autre variante, devrait attendre le résultat d'un exercice de séquençage génique qui prend entre 24 et 96 heures, selon la technologie utilisée. Mais comme tous les échantillons ne sont pas envoyés pour séquençage, il est possible que la variante Omicron ait commencé à circuler mais n'ait pas été récupérée. Une façon de contrer cela est d'augmenter le nombre d'échantillons envoyés pour le séquençage.

R R Gangakhedkar, ancien chef de l'épidémiologie à l'ICMR, a déclaré qu'une stratégie intelligente devait être élaborée car il n'était pas possible d'envoyer tous les échantillons pour le séquençage des gènes. Il a déclaré qu'en Inde, c'était toujours la variante Delta qui était la plus répandue et, par conséquent, le cas échéant, les laboratoires de tests de diagnostic devraient rechercher l'identifiant manquant dans la région de la protéine de pointe et les marquer immédiatement pour le séquençage des gènes.

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