Einem Flieger nach Uganda wird am Flughafen von Johannesburg ein Abstrich genommen. (Reuters)
Die Omicron-Variante von SARS-CoV2 wird als große Bedrohung angesehen, wobei die Weltgesundheitsorganisation (WHO) am Sonntag das globale Risiko als “sehr hoch” einschätzt. Vorläufige Daten haben gezeigt, dass Omicron eine höhere Übertragbarkeit und auch eine größere Fähigkeit haben könnte, die entweder durch eine vorherige Infektion oder durch Impfstoffe erzeugte Immunantwort zu umgehen.
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Die rechtzeitige Erkennung dieser Variante ist daher der Schlüssel zur Eindämmung ihrer Verbreitung. Positiv äußerte sich die WHO zu dieser Variante, dass sie in einigen der weltweit eingesetzten RT-PCR-Diagnosetests nachgewiesen werden könnte, im Gegensatz zu anderen Varianten, deren Vorhandensein erst nach einer genetischen Sequenzierung festgestellt werden kann. Dies kann die Erkennung beschleunigen und bei der Kontrolle der Ausbreitung helfen.
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Aber wie Wissenschaftler gegenüber The Indian Express sagten, ist dies nicht einfach; die meisten RT-PCR-Tests in Indien können möglicherweise nicht zwischen Omicron und anderen Varianten unterscheiden.
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Omicron-Variante: Wie ein ‘miss’ durch RT-PCR hilft
RT-PCR-Tests können nur bestätigen, ob die Person eine Infektion hat oder nicht. Sie dienen nicht dazu, festzustellen, welche bestimmte Variante die Person infiziert hat. Dazu muss eine Genomsequenzierungsstudie durchgeführt werden.
Nicht alle infizierten Proben werden zur Genomsequenzierung geschickt, da dies ein langsamer, komplizierter und kostspieliger Prozess ist. Normalerweise wird nur eine sehr kleine Teilmenge aller positiven Proben – etwa 2 bis 5 Prozent – zur Genanalyse geschickt.
RT-PCR-Tests suchen nach dem Vorhandensein bestimmter spezifischer Identifikatoren im genetischen Material (nicht der gesamten Gensequenz) des Virus im menschlichen Körper. Normalerweise werden zwei oder mehr Identifikatoren durchsucht, um die Wahrscheinlichkeit zu erhöhen, eine Übereinstimmung zu finden. Wenn einer der Bezeichner mutiert ist, kann der andere immer noch ein positives Ergebnis zurückgeben.
Viele der RT-PCR-Tests suchen nach einem Identifikator im Coronavirus-Spike-Protein, dem hervorstehenden Bereich, der es dem Virus ermöglicht, in den menschlichen Körper einzudringen. Liegen Mutationen im Spike-Protein vor, wie es bei der Omicron-Variante der Fall ist, besteht die Möglichkeit, dass solche RT-PCR-Tests, die nach Identifikatoren in dieser Region suchen, die Mutation nicht als gesuchten Identifikator erkennen, und würde somit ein negatives Ergebnis ergeben.
Aber wie oben erwähnt, suchen RT-PCR-Tests nach mehr als einem Identifikator. Wenn der Test also den Identifikator in der anderen Region findet (was bedeuten würde, dass die Person eine Coronavirus-Infektion hat), aber den Identifikator nicht im Spike-Protein findet, dann könnte dies ein Hinweis darauf sein, dass die Infektion mit der Omicron-Variante erfolgt.
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Das Problem ist, dass Omicron nicht die einzige Variante ist, die Mutationen im Spike-Protein aufweist. Einige andere, insbesondere die Alpha-Variante, weisen ebenfalls Mutationen in dieser Region auf und könnten daher ein ähnliches Verhalten in RT-PCR-Tests zeigen.
Trotzdem kann ein solches Ergebnis als Screening-Mechanismus für das Omicron . angesehen werden Variante, zumal die Prävalenz der Alpha-Variante in der indischen Bevölkerung deutlich zurückgegangen ist. Ein solches Screening in der diagnostischen Testphase kann entscheidend sein, um potenzielle Infektionen mit der Omicron-Variante zu identifizieren und zu isolieren.
Gensequenzierung für Sicherheit
Wie Anurag Agarwal, Direktor des in Delhi ansässigen Institute of Genomics and Integrative Biology (IGIB), erklärte, wäre ein solches Ergebnis nur ein Hinweis auf das Vorhandensein der Omicron-Variante und müsste durch Gensequenzierung bestätigt werden. Aber es ist immer noch ein wichtiger Vorsprung.
Die WHO sagte, dass eines der weit verbreiteten RT-PCR-Kits, das von Thermo Fisher Scientific entwickelt wurde, das Vorhandensein der Omicron-Variante nachweisen kann. Einige der in Indien verwendeten Kits können die Variante möglicherweise auch erkennen. Wie Vinod Scaria, ein Wissenschaftler am IGIB, sagte, hing die Fähigkeit des Kits, die Variante zu erkennen, von den verwendeten Primern (Chemikalien, die die Identifikatoren aufnehmen) ab.
„Leider sind die Primer-Details für die meisten in Indien verwendeten Kits nicht öffentlich verfügbar. Man kann also nicht sagen, ob ein bestimmtes Kit, das verwendet wird, diese Variante erkennen kann oder nicht“, sagte Scaria.
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Wenn die diagnostischen Tests keine Hinweise liefern, müsste der Nachweis von Omicron oder einer anderen Variante das Ergebnis einer Gensequenzierungsübung abwarten, die je nach verwendeter Technologie zwischen 24 und 96 Stunden dauert. Da jedoch nicht alle Proben zur Sequenzierung gesendet werden, ist es möglich, dass die Omicron-Variante im Umlauf ist, aber nicht abgeholt wurde. Eine Möglichkeit, dem entgegenzuwirken, besteht darin, die Anzahl der zur Sequenzierung gesendeten Proben zu erhöhen.
R. R. Gangakhedkar, ehemaliger Leiter der Epidemiologie am ICMR, sagte, dass eine intelligente Strategie ausgearbeitet werden müsse, da es nicht möglich sei, alle Proben zur Gensequenzierung zu senden. Er sagte, dass in Indien immer noch die Delta-Variante am weitesten verbreitet sei und die diagnostischen Testlabore daher gegebenenfalls nach dem fehlenden Identifikator in der Spike-Protein-Region suchen und diese sofort für die Gensequenzierung markieren sollten.
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